由于复发性口疮的病因并不十分明确，给治疗带来了一定的困难。其自限性又使轻型的溃疡能够愈合，治疗目的是使病程缩短，症状减轻。
要保持口腔内的清洁卫生，避免硬物的摩擦及咬伤。局部治疗以消炎、止痛、促进愈合为主，全身治疗要消除可能存在的致病因素，严重者全身给药治疗，以改善免疫异常、营养缺乏等状况。
局部治疗可用消炎药，选用金霉素药膜、洗必泰药膜等局部外敷，或0.1%醋酸氟羟泼尼松软膏、2.5%金霉素甘油局部涂，或2%四环素液、0.25%金霉素液含漱，1日4次；0.02%~0 .2%洗必泰液含漱，每次1~2分钟，每日数次；四环素混悬液含2分钟后咽下，每日4次；局部治疗还可用止痛剂，如0.5%达克罗宁液、1%普鲁卡因液、2%利多卡因液等，进食前擦干局部后少许涂用。腐蚀剂用于溃疡面上灼蚀溃疡，形成假膜以促进愈合。如用50%~100%三氯醋酸、5%~10%硝酸银、8%氯化锌等，在表面麻醉下擦干局部，用探针蘸少许药液涂于溃疡面上，直到表面呈灰白色，但此法可使溃疡面周围组织破坏，使愈合时间延长；且用的量过多可形成疤痕，故不宜经常使用。华素片、溶菌酶片（20mg）每日3~5次，含化，也有消炎止痛、止血消肿的作用。口内紫外线灯、激光等照射也有止痛、促进愈合的作用。对经久不愈，疼痛明显或范围较大的溃疡可用皮质激素局部封闭，用2.5%醋酸强的松龙混悬液0.5~1.0ml ，加入1%普鲁卡因0.5~1.0ml，以侵润方式注射入溃疡的基底部（避免药液从溃疡处溢出或进入血管），每周1~2次。对于发作频繁、溃疡深大、经久不愈的溃疡，应考虑全身治疗以促进愈合，减少复发的频率，提高疗效。可用肾上腺皮质激素：泼尼松（强的松、去氢可的松）5~15mg，每日4次；地塞米松（氟美松）0.75~1.5mg，每日2~4次。可用免疫增强剂：转移因子2~4ml（1支），上臂内侧皮下注射，每周1~2次；左旋咪唑45~75mg，每日3次，连服2日，停药5日，1~2月为一个疗程（注意可能有头晕、恶心、鼻衄、皮疹、白细胞降低等副作用）；胸腺素1~10mg每日或隔日1次；胎盘脂多糖0.5~1.0mg，肌肉或皮下注射，每日1次，20天为一疗程。对严重的口疮患者，如用皮质激素疗效不理想或不能耐受的少数病例可考虑合用免疫抑制剂：环磷酰氨25~75mg，每日2次，4~6周为一疗程；硫唑嘌呤100mg，每日1次，可连服数月（注意可有粒细胞减少的副作用）；昆明山海棠500~750mg，每日3次（注意不可过量）。
